Столкнулся с тем, что при работе по sftp не действует параметр umask, прописанный в профиле пользователя ~/.bash_profile. Файлы создаются с umask установленным в системе по умолчанию.

Связано это с тем, что для сессии sftp создается non-login non-interactive shells. Для такой оболочки настройки берутся из файла ~/.bashrc. Чтобы изменить umask для sftp сессии редактируем файл ~/.bashrc следующим образом - находим и комментируем следующую строку (строка находится в начале файла):

[ -z "$PS1" ] && return

Вместо неё пишем следующий код (значение umask ставите которое вам нужно):

if [ -z "$PS1" ]; then
umask 0007
return
fi

После этого соединяемся по sftp, создаем директорию и смотрим с какими правами она создана:

sftp> mkdir test
sftp> ls -l
...
drwxrwx--- 2 user user 4096 Feb 22 16:57 test
...

Видим, что права соотвествуют установленному параметру umask 0007.