Решение следующее:
1. идем в ~/.gnome2/keyrings и трем все содержимое (иначе никак не стереть старую "связку ключей" проверено)
2. Запускаем менеджер паролей (Seahorse его зовут) в UBUNTU его ищут в меню Приложения?Стандартные?Пароли и ключи шифрования.

Выглядит так:


3. После этого Файл?Создать?Связка ключей для паролей и руками создаём брелок с именем "login"

Казалось бы всё, а нет! Система теперь действительно нормаль работает и пароли не требует вводить каждый раз, но при логине пользователя все равно "связка ключей", сама собой не разблокируется.

Поэтому 4. если у вас какое-то приложение просит пароль для разблокирование связки ключей, то можете обратить внимание на дополнительные параметры в диалоге ввода пароля. Там будет галочка - разблокировать при входе в систему. Если её установить, то больше вам не потребуется вводить пароль для доступа к этой "связке ключей", она будет разблокироваться при логине пользователя.

PS: Можно создать связку ключей без пароля вообще (ругнется конечно, что пароли не зашифрованными будут и т.д.), тогда пункт 4 отменяется.