В некоторых темах для Gnome при выставлении прозрачности панели, фон под меню и треем все равно остается непрозрачным, а это означает, что в этой теме прописана картинка фоном панели. Для этого надо открыть файл gtkrc, он лежит скорее всего в папке (/usr/share/themes/название_темы/gtk-2.0 или в домашней ~/.themes/название_темы/gtk-2.0, смотря куда вы ставили тему) найти строчку:

bg_pixmap[NORMAL] = «/Panel/panel-bg.png»

и закомментировать её решеткой #

p.s. иногда это может быть не в самом файле gtkrc, в него инклюдом включают например panel.rc.