После шести с половиной лет разработки увидела свет первая стабильная версия универсального SDK для химической информатики под названием Indigo. История Indigo как проекта с открытыми кодом ведёт отсчёт с ноября 2009 года, когда был опубликован комплект утилит с ограниченным API. На данный момент Indigo предоставляет унифицированный программный интерфейс для разработчиков на язвках C/C++, Java, C# и Python.

Краткий список возможностей:

• Поддержка форматов представления структур молекул и реакций: Molfile, Rxnfile, SDF, RDF, CML, SMILES, SMARTS
• Двумерный рендеринг структур молекул и реакций по стандартам IUPAC (в качестве движка используется cairo). Автоматическое вычисление координат атомов в 2D
• Вычисление "Canonical SMILES" - представления молекулярной структуры, инвариантного относительно перестановок атомов
• Проверка точного совпадения структур молекул или реакций (Exact matching), проверка наложения по подструктуре (Substructure matching)
• Поддержка таутомеров и резонансных форм
• Вычисление битовых кодов структур (fingerprints)
• Процедуры перебора подграфов, поддеревьев, колец в молекулярной структуре
• Вычисление молекулярного веса и молекулярной формулы
• Разложение структур по заместителям (R-Group deconvolution). Автоматическое определение максимальной общей подструктуры (MCS) множества структур.
• Комбинаторный перебор продуктов химической реакции.

На основе Indigo создан Bingo - картридж для СУБД Oracle и MS SQL Server, представляющий возможности Indigo пользователям этих реляционных СУБД; в первую очередь быстрый поиск структур молекул и реакций по подструктуре и по SMARTS-выражению. Картридж для PostgreSQL находится в разработке.

Также на основе Indigo созданы следующие небольшие утилиты:

• indigo-depict - для рендеринга молекул и реакций в PNG/SVG/PDF/EPS
• indigo-cano - для вычисления Canonical SMILES
• indigo-deco] - для разложения структур по заместителям
• ChemDiff - для просмотра структур и нахождения различий между двумя наборами структур
• Legio -- для перебора продуктов реакции

В результате сотрудничества с командой KNIME, данная открытая платформа для анализа данных, построенная на базе Eclipse, приобрела расширения для работы с химическими структурами, сделанные на базе Indigo.

Все продукты распространяются на условиях GPLv3 аутсорсинговой компанией GGA Software Services. Офис по разработке находится в Санкт-Петербурге. На сайте компании доступны сборки библиотек и утилит для Linux, Windows и Mac OS X.