Однако автор «Minix», профессор Эндрю Таненбаум, неожиданно выступил с резкой критикой дизайна системы:

«Я по-прежнему считаю, что создавать монолитное ядро в 1991 году — фундаментальная ошибка. Скажите спасибо, что вы не мой студент: за такой дизайн я бы не поставил высокой оценки :-)»
(из письма к Линусу Торвальдсу). Свой пост Таненбаум озаглавил «Линукс устарел».

Кроме монолитного ядра, Таненбаум критиковал «Linux» за отсутствие переносимости. Таненбаум предсказывал, что процессоры 80x86 в недалёком будущем исчезнут, уступив место архитектуре RISC.

Критика сильно задела Торвальдса. Таненбаум был знаменитым профессором, и его мнение имело значение. В данном вопросе, однако, он ошибся.
 

Открытость ядра, написанного Линусом, дала возможность использовать его совместно с наработками (компиляторами GCC, базовыми утилитами ОС) GNU, проекта свободного варианта системы UNIX, существовавшего с 1983 года (вся эта система часто называется «Linux», однако правильнее было бы называть её «GNU/Linux»). Популярность системы росла, и позже о ней заговорили журналисты во всём мире. «Линукс» и Линус стали известны.
 

В настоящее время лишь около двух процентов системного ядра «Linux» написано самим Торвальдсом, но за ним остаётся решение о внесении изменений в официальную ветку ядра.
 

Торвальдс владеет товарным знаком «Linux» и следит за его использованием через некоммерческую организацию «Linux International» и при помощи пользователей «Linux» во всём мире.